Beliau adalah seorang wali Allah yang mempunyai berbagai macam karamah yang luar biasa. Beliau berasal dari keturunan Al-Ba’alawi. Sebahagian dari karamahnya pernah diceritakan bahawasanya pernah ada dua orang yang datang ke kota Tarim (Hadhramaut) dengan maksud mengunjungi setiap orang terkemuka dari keluarga Al-Ba’alawi yang berada di kota tersebut. Setibanya di suatu masjid jami’ keduanya dapati Syeikh Abu Bakar sedang bersolat di masjid tersebut. Setelah solat Jumaat selesai keduanya menunggu keluarnya Syeikh Abu Bakar dari masjid. Namun beliau tetap duduk beribadat dalam masjid sampai hampir matahari terbenam. Kedua orang itu merasa lapar, tapi keduanya tidak berani beranjak dari masjid sebelum bertemu dengan Syeikh Abu Bakar. Tidak lama kemudian, Syeikh Abu Bakar Asseggaf menoleh kepada mereka berdua sambil berkata: “Ambillah apa yang ada dalam baju ini”. Keduanya mendapati dalam baju Syeikh itu sepotong roti panas. Roti tersebut cukup mengenyangkan perut kedua orang tersebut. Bahkan masih ada sisanya. Kemudian sisa roti itu barulah dimakan oleh Syeikh Abu Bakar”.
Ada seorang diceritakan telah meminang seorang gadis. Syeikh Abu Bakar ketika mendengar berita tersebut telah memberikan komentarnya: “Pemuda itu tidak akan mengahwini gadis itu, ia akan kahwin dengan ibu gadis tersebut”. Apa yang diceritakan oleh Syeikh Abu Bakar ersebut ternyata benar, kerana tidak lama kemudian ibu gadis itu diceraikan oleh suaminya. Kemudian pemuda itu membatalkan niat untuk mengahwini gadis tersebut. Bahkan sebagai gantinya ia meminang ibu gadis tersebut.
Diceritakan pula bahwa ada serombongan tetamu yang berkunjung di Kota Tarim tempat kediaman Syeikh Abu Bakar Asseggaf. Tetamu itu tergerak di hatinya masing-masing ingin makan bubur gandum dan daging. Tepat waktu rombongan tetamu itu masuk ke rumah Syeikh Abu Bakar, beliau segera menjamu bubur gandum yang dimasak dengan daging.Kemudian sebahagian dari rombongan tersebut ada yang berkata: “Kami ingin minum air hujan”. Syeikh Abu Bakar berkata kepada pembantunya: “Ambillah bejana itu dan penuhilah dengan air yang ada di mata air keluarga Bahsin”. Pelayan itu segera keluar membawa bejana untuk mengambil air yang dimaksud oleh saudagarnya. Ternyata air yang diambil ari mata air keluarga Bahsin itu rasanya tawar seperti air hujan.
Pernah diceritakan bahawasanya ada seorang Qadhi dari keluarga Baya’qub yang mengumpat Syeikh Abu Bakar Asseggaf. Ketika Syeikh Abu Bakar mendengar umpatan itu, beliau hanya berkata: “Insya-Allah Qadhi Baya’qub itu akan buta kedua matanya dan rumahnya akan dirampas jika ia telah meninggal dunia”. Apa yang dikatakan oleh Syeikh Abu Bakar tersebut terlaksana sama seperti yang dikatakan.
Ada seorang penguasa yang merampas harta kekayaan seorang pelayan dari keluarga Bani Syawiah. Pelayan itu minta tolong kepada Syeikh Abu Bakar Asseggaf. Pada keesokkan harinya penguasa tersebut tiba-tiba datang kepada pelayan itu dengan mengembalikan semua harta kekayaannya yang dirampas dan dia pun meminta maaf atas segala kesalahannya. Penguasa itu bercerita: “Alu telah didatangi oleh seorang yang sifatnya demikian, demikian, sambil mengancamku jika aku tidak mengembalikan barangmu yang kurampas ini”. Segala sifat yang disebutkan oleh penguasa tersebut sama seperti yang terdapat pada diri Syeikh Abu Bakar.
Diceritakan pula oleh sebagian kawannya bahawasanya pernah ada seorang ketika dalam suatu perjalanan di padang pasir bersama keluarganya tiba-tiba ia merasa haus tidak mendapatkan air. Sampai hampir mati rasanya mencari air untuk diminum. Akhirnya ia teringat pada Syeikh Abu Bakar Asseggaf dan menyebut namanya minta pertolongan. Waktu orang itu tertidur ia bermimpi melihat seorang penunggang kuda berkata padanya: “Telah kami dengar permintaan tolongmu, apakah kamu mengira kami akan mengabaikan kamu?” Waktu orang itu terbangun dari tidurnya, ia dapati ada seorang Badwi sedang membawa tempat air berdiri di depannya. Badwi itu memberinya minum sampai puas dan menunjukkannya jalan keluar hingga dapat selamat sampai ke tempat tujuan.Dipetik dari: Kemuliaan Para Wali – karangan Zulkifli Mat Isa, terbitan Perniagaan Jahabersa