HABIB Usman bin Yahya lahir di Pekojan, Jakarta Barat pada tanggal 17 Rabi’ul Awwal 1238 H atau 1822 M. Ayahnya adalah Abdullah bin Aqil bin Syech bin Abdurahman bin Aqil bin Ahmad bin Yahya. Sedangkan ibunya adalah Aminah binti Syekh Abdurahman Al-Misri. Beliau pergi ke Mekah untuk menunaikan ibadah Haji, tetapi kemudian bermukim di sana selama 7 tahun dengan maksud memperdalam ilmunya. Guru utama beliau adalah ayahnya sendiri. Sedangkan ketika berada di Mekah beliau belajar/berguru pada sayyid Ahmad Zaini Dahlan ( Mufti Mekah ). Pada tahun 1848 beliau berangkat pula ke Hadramaut untuk balajar pada guru-gurunya :
1.Syekh Abdullah bin Husein bin Thahir
2.Habib Abdullah bin Umar bin Yahya
3.Habib Alwi bin Saggaf Al-Jufri
4.Habib Hasan bin Shaleh Al-Bahar.
Dari Hadramaut beliau berangkat pula ke Mesir dan belajar di Kairo walaupun hanya untuk 8 bulan. Kemudian meneruskan perjalanan lagi ke Tunis ( berguru pada Syekh Abdullah Basya ), Aljazair ( belajar pada Syekh Abdurahman Al-Magribhi ), Istanbul, Persia dan Syiria. Maksud beliau berpergian dari satu negeri ke negeri lain adalah untuk memperoleh dan mendalami bermacam-macam ilmu seperti ilmu fiqh, tasawuf, tarikh, falak, dan lain-lain. Setelah itu beliau kembali ke Hadramaut.
Pada tahun 1862 M./1279 H. kembali ke Batavia dan menetap di Batavia hingga wafat pada tahun 1331 H./1913 M. Habib Usman diangkat menjadi Mufti menggantikan mufti sebelumnya, Syekh Abdul Gani yang telah lanjut usianya, dan sebagai Adviseur Honorer untuk urusan Arab ( 1899 – 1914 ) di kantor Voor Inlandsche Zaken. Sebagai seorang Ulama, Habib Usman ini sangat produktif mengarang buku. Walaupun buku-buku karangannya pendek-pendek, sekitar 20 halaman saja, tetapi banyak mengenai pertanyaan yang sering timbul dalam masyarakat Muslim tentang syariat Islam.
Beberapa buku karangannya, yaitu : Taudhih Al-Adillati ‘ala Syuruthi Al-Abillah, Al-Qawanin Asy-Syar’iyah li Ahl Al-Majalisi Al-Hukmiyah wal Iftaiyah , Ta’bir Aqwa ‘adillah, Jam Al-Fawaid, Sifat Dua Puluh, Irsyad Al-Anam, Zahr Al-Basyim,Ishlah Al-Hal, Al-Tuhfat Al-Wardiah, Silsilah Alawiyah, Al-Thariq Al-Shahihah, Taudhih Al-Adillah , Masalik Al-Akhyar, Sa’adat Al-Anam, Nafais Al-Ihlah, , Kitab Al-Faraid, , Saguna Sakaya, Muthala’ah, Soal Jawab Agama, Tujuh Faedah, Al-Nashidat Al-Aniqah, Khutbah Nikah, Al-Qu’an Wa Al-Dua, Ringkasan Ilmu Adat Istiadat, Ringkasan seni membaca Al-Qur’an, Membahasa Al-Qur’an dan Kesalahan Dalam Berdo’a, , Perhiasan, Ringkasan Unsur-unsur Do’a, Ringkasan Tata Bahasa Arab, Al-Silisilah Al-Nabawiyah, Atlas Arabi, Gambar Mekah dan Madinah, Ringkasan Seni Menentukan Waktu Sah Untuk Shalat, Ilmu kalam, Hukum Perkawinan, Ringkasan Hukum Pengunduran Diri Istri Secara Sah, Ringkasan Undang-Undang Saudara Susu, Buku Pelajaran Bahasa dan Ukuran Buku, Adab Al-Insan, Kamus Arab Melayu, Cempaka Mulia, Risalah Dua Ilmu, Bab Al-Minan, Hadits Keluarga, Khawariq Al-Adat, Kitab Al-Manasik dan Ilmu Falak.
Dalam bukunya Risalah Dua Ilmu beliau membagi Ulama menjadi 2 macam yaitu Ulama Dunia dan Ulama Akhirat. Ulama dunia itu tidak Ikhlas, materialistis, berambisi dengan kedudukan, sombong dan angkuh, sedangkan Ulama akhirat adalah orang yang ikhlas, tawadhu’, yang berjuang mengamalkan ilmunya tanpa pretensi apa-apa, lillahi ta’ala, hanya mencari Ridho Allah semata.
Anggapan orang bahwa Habib Usman seorang yang anti tarekat adalah tidak benar, sebab beliau belajar tasawuf dan Ilmu Tarekat di Hadramaut dan Mekah. Kalau Memang Habib Usman menentang itu, tentulah tarekat yang menyimpang dari Agama. Habib Usman belajar ke Mesir, Tunis, Aljazair, Yordania dan Turki, selain ke Mekah dan Hadramaut. Karena itu kalau dikatakan bahwa beliau berpakaian modern itu bisa diterima karena banyak pergaulannya. Karena ilmunya yang luas maka diangkatlah beliau menjadi mufti Betawi oleh pemerintah Hindia Belanda.
Sumber dari buku Menelusuri Silsilah Suci Bani Alawi – Idrus Alwi Almasyhur
