Beliau lahir di Migrab, dekat Hazam, Hadramaut, Datang di Betawi sekitar tahun 1746 M. Berdasarkan cerita, bahwa beliau wafat di Luar Batang, Betawi tanggal 24 Juni 1756 M. bertepatan dengan 17 Ramadhan 1169 Hijriyah dalam usia lebih dari 30 tahun ( dibawah 40 tahun ). Jadi diduga sewaktu tiba di Betawi berumur 20 tahun. Habib Husein bin Abubakar Alaydrus memperoleh ilmu tanpa belajar atau dalam istilah Arabnya “ Ilmu Wahbi “ , yaitu pemberian dari Allah tanpa belajar dahulu. Silsilah beliau : Habib Husein bin Abubakar bin Abdullah bin Husein bin Ali bin Muhammad bin Ahmad bin Husein bin Abdullah bin Abubakar Al-Sakran bin Abdurrahman Assaqqaf bin Muhammad Maula Al-Dawilah bin Ali bin Alwi bin Muhammad Al-Faqih Al-Muqaddam bin Ali bin Muhammad Shahib Mirbath.
Habib Husein yang lebih terkenal dengan sebutan Habib Keramat Luar Batang, mempunyai perilaku “ Aulia “ (para wali) yang di mata umum seperti ganjil. Seperti keganjilan yang dilakukan beliau, adalah :
Habib Husein tiba di Luar Batang, daerah Pasar Ikan, Jakarta, yang merupakan benteng pertahanan Belanda di Jakarta. Kapal layar yang ditumpangi Habib Husein terdampat didaerah ini, padahal daerah ini tidak boleh dikunjungi orang, maka Habib Husein dan rombongan diusir dengan digiring keluar dari teluk Jakarta. Tidak beberapa lama kemudian Habib Husein dengan sebuah sekoci terapung-apung dan terdampar kembali di daerah yang dilarang oleh Belanda. Kemudian seorang Betawi membawa Habib Husein dengan menyembunyikannya. Orang Betawi ini pun berguru kepada Habib Husein. Habib Husein membangun Masjid Luar Batang yang masih berdiri hingga sekarang. Orang Betawi ini bernama Haji Abdul Kadir. Makamnya di samping makam Habib Husein yang terletak di samping Masjid Luar Batang.
Habib Husein sering tidak patuh pada Belanda. Sekali Waktu beliau tidak mematuhi larangannya, kemudian ditangkap Belanda dan di penjara di Glodok. Di Tahanan ini Habib Husein kalau siang dia ada di sel, tetapi kalau malam menghilang entah kemana. Sehingga penjaga tahanan (sipir penjara) menjadi takut oleh kejadian ini. Kemudian Habib Husein disuruh pulang, tetapi beliau tidak menghiraukan alias tidak mau pulang, maka Habib Husein dibiarkan saja. Suatu Waktu beliau sendiri yang mau pergi dari penjara.
Sumber dari Buku Menelusuri Silsilah Suci Bani Alawi – Idrus Alwi Almasyhur
